한국기독교역사박물관은 향산 한영제 장로가 설립, 운영하였던 기독교문사에 그 뿌리를 두고 있다. 향산은 기독교 전문 문서 출판기관인 기독교문사를 운영하면서 사라져가는 한국 기독교 역사와 문화유산을 수집, 보존하는 것에 남다른 의지와 열정을 가지고 있었다. 그리하여 40여 년간 틈틈이 한국 교회사 관련 고서적과 유물들을 수집하여 경영 일선에서 은퇴할 무렵인 1990년대 말엔 도서와 문헌자료 10만여 점을 모을 수 있었다. 그 중에는 한국뿐 아니라 세계 기독교계에서도 유일한 귀중품들도 다수 있었다. 향산은 이들 귀중 자료를 통해 한국 기독교 역사와 문화의 아름다운 전통을 연구, 개발하고 이를 세계에 알리는 것을 자신에게 남겨진 마지막 사명인 것으로 인식했다. 그리하여 2001년 11월 경기도 이천시 대월면 초지리에 부지를 구입하여 한국기독교역사박물관(지하 1층, 지상 2층, 연건평 180평)을 건립, 개관하였다. 한국기독교역사박물관은 2003년 6월 문화관광부에 사립박물관 등록을 마쳤다. 이렇게 출발한 한국기독교역사박물관은 매년 1회 기획 전시회를 개최하여 박물관이 소장하고 있는 귀중 자료를 일반인들에게 공개하여 많은 호응을 받았다. 2001년 10월부터 2016년 현재까지 한국기독교역사박물관에서 개최한 전시회 내용은 다음과 같다.

이처럼 매년 기획전시회를 개최하면서 전국적으로 한국기독교역사박물관의 존재와 사업이 알려지게 되었는데,
특히 방학 기간에는 전국 교회에서 청소년 학생들과 원로 교인들이 단체로 박물관을 방문하였다.
이에 전시 공간이 부족함을 느껴 2005년 8월 박물관 옥상에 30평 규모의 특별 전시장을 개관하였고 2007년 9월에는 체험학습장으로 ‘평양 장대현교회 모형’ 예배당(25평)을 건축하였다. 그리고 2003년 9월 이천시에 등록한 박물관 출판부를 통하여 본 박물관의 전시회 도록을 비롯하여 《사랑의 순교자 주기철 목사 연구》(이덕주 지음, 2003),《청진기에 담긴 복음》(치솜 지음, 이용지 옮김, 2006) 등 한국 교회사 관련 도서를 출판 보급하였다.

이렇듯 한국기독교역사박물관은 비록 짧은 기간이었지만 설립 이후 많은 전시회와 출판 사업을 통해 처음 기획했던 한국 기독교 문화 창달과 문서 사역을 감당할 수 있었다.
그것이 가능했던 것은 박물관 설립자 향산 한영제 장로의 사심 없는 희생과 헌신이 있었기에 가능했음은 물론이다. 평생 모은 귀중한 자료를 개인 소유로 삼지 않고 이것을 한국 교회와 사회에 환원하여 기독교 역사 및 문화 연구와 보급에 기여하려 했던 향산의 의지와 열정이 없었으면 불가능했던 일이다. 비록 향산 한영제 관장은 ‘통일된 이후 고향에 돌아가 무너진 교회를 재건하리라’는 꿈을 이루지 못하고 떠났지만 그의 후손과 그의 문서 선교사역에 동참했던 동지들은 그가 한국 교회와 민족에 보여 준 사랑, 그리고 그가 보여 준 희생적 봉사의 정신을 이어받아 한국기독교역사박물관을 더욱 체계적으로 발전시켜 나가고 있다. ‘기독교 문화 창달과 문서 선교를 통해 한국 교회와 나라와 민족에 봉사하려는’ 취지를 한층 더 공고히 하기 위하여 2009년에 재단법인을 등록하여 “(재)한국기독교역사박물관” 을 법인으로 설립하였다.